La Fundación definitiva de la Ciudad le corresponde al Capitán español Hernando Santana, el 6 de Enero de 1550, quién en la advocación a la fecha religiosa que se celebraba en ese día y en reconocimiento al Cacique Upar, jefe de la tribu que poblaba la región, le dio el nombre de los Santos Reyes de Valle de Upar.

Para el asentamiento de la fundación el capitán español escogió la parte septentrional del Valle de Upar, bañado por el río Guatapurí, que en el dialecto Chimila significa "Agua Fría".

Lo que hoy se conoce como la Ciudad de Valledupar, fue erigida parroquia en 1956, llegó a ser capital de la provincia de Valledupar de conformidad a la ley 15 de abril de 1850;fue elevada a capital del departamento de Valledupar del Estado Federal del Magdalena de acuerdo a la ley 29 de diciembre de 1864; al reestructurarse la división político-administrativa del Estado Unitario Colombiano, fue erigida como municipio del Departamento del Magdalena según la Ordenanza No 57 de 1915, la cual estableció su extensión y límites.

Al crearse el Departamento del Cesar por la Ley 25 de 1967 fue escogida esta tradicional y hermosa ciudad como su capital.