Sólo hay dos vías de acceso: desde Buenaventura (Valle del Cauca) se puede llegar al Parque por vía marítima, en barcos de cabotaje, que pueden ser reservados en los teléfonos (9224) 46089 - 46106 - 46091. Estos barcos se abordan en el Muelle El Piñal, diagonal a las Bodegas Liscano. El viaje tarda aproximadamente 12 horas. Al llegar a la isla el acceso es a través de lanchas de motor del Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial, en las cuales será trasladado hasta la playa, dado que Gorgona carece de muelle.

También se puede acceder desde Guapi (Cauca), en lanchas de motor con capacidad para 10 personas, que pueden ser reservadas en los teléfonos (92825) 7137 - 7136.