Fue antigua ciudad del estado soberano del Cauca, fundada por primera vez con el nombre “citará”, gracias a Fray Matías Abad en el año de 1648, en terrenos que regalaron los indios por primera vez a la orden franciscana, “Pueblo Viejo” corregimiento de “Samurindó” población que fue incendiada en diversas ocasiones por los indios.

En 1654, reconstruida por los jesuitas Pedro Cáceres y Francisco de Orta”. Hacia 1690, Don Manuel Cañizales, colono antioqueño y minero de profesión, fundó una población en tierras de los caciques “Guasebá y Quibdó”.

Quibdó, proclamó su independencia, el 2 de febrero de 1813. En el año de 1702, aumentaron los pobladores y el colono español Francisco de Berro, le dio el carácter de población, mediante acta firmada por los vecinos, con el nombre de “San Francisco de Quibdó”.

Por decreto ejecutivo del 30 de marzo de 1825, se creó como cabecera del distrito, habiendo sido designada capital del departamento del Chocó, el 15 de junio de 1948.

En 1966, la ciudad fue semidestruida por un incendio y nuevamente reconstruida.

El municipio de Quibdó tiene un total de 442 corregimientos, siendo los más importantes Tutunendo, Negúa, Paimadó, Alta Gracia y Tanguí. La mayoría de los corregimientos se encuentran ubicados a la orilla de los diferentes ríos navegables del municipio, a excepción de la población indígena, que ya estaba establecida en la zona que ocupa el municipio.